No fim de 2009, o montante acumulado desde 2007 de pagamentos efectuados no ProDeR ascendia a 1195,5 milhões de euros: 631,2 milhões de despesa pública e 564,3 milhões de comparticipação FEADER. A taxa global de execução - valor pago face ao total do fundo programado para o período 2007/2009 - deste programa era de 16%, para a qual contribuíram muito as acções transitadas (61%) e as do Subprograma 2 ("Gestão sustentável do Espaço Rural" - 25%). Já a taxa de realização - percentagem paga face ao aprovado - era de 39%, sendo os valores mais elevados relativos ao Subprograma 2.
Em 2009, foi pago um total de 201,8 milhões de euros, com uma comparticipação FEADER de 158,2 milhões de euros, o que representa uma taxa de execução financeira de cerca de 31% do fundo programado para 2009. Tal como em 2008, o Eixo 2 ("Melhoria do Ambiente e da Paisagem Rural") recebeu no ano passado a maioria da execução financeira: 128,346 milhões de euros FEADER, o que representa 81% do total de pagamentos do ano. E à semelhança de anos anteriores, a maioria dos pagamentos (99%) foi feita a projectos localizados em regiões de convergência.
Na Acção 1.1.1, "Modernização e Capacitação das Empresas", foram contratadas 7534 operações em 2009 (97% das quais situadas em região de convergência): um total de 201,978 milhões de euros de despesa pública com 149,9 milhões de euros de comparticipação FEADER. Com uma taxa de contratação de 31%, a de execução ficou pelos 2%. Já na Acção 1.1.3, relativa à "Instalação de Jovens Agricultores", em 2009 foram contratados 247 pedidos de apoio, num total de 9,9 milhões de euros de despesa pública e 7,1 milhões de euros de comparticipação FEADER. A taxa de contratação foi de 6% mas a de execução foi de 2%.